Die besondere Struktur des Fonds macht ihn innovativ: Er arbeitet wie ein Garantiefonds und nimmt Banken, die an Existenzgründer und junge Unternehmen Mikrokredite von bis zu 10.000 Euro mit kurzen Laufzeiten (ca. zwei Jahre) vergeben, das Kreditausfallrisiko ab. Die Vergabe eines Kleinstkredits wird dabei eng mit der Gründungs- und Unternehmensberatung verknüpft. Dazu bindet der Fonds bestehende private und öffentliche Beratungseinrichtungen ein.

Die Betreuung durch einen Berater soll dafür sorgen, dass Erfolg versprechende Geschäftsideen identifiziert und den Banken zur Kreditvergabe empfohlen werden. Ferner muss sich die Beratungseinrichtung am Ausfallrisiko des Kredites beteiligen. Sie übernimmt 20 Prozent der Haftung der von ihr empfohlenen Mikrokredite.

Deutsche und europäische Förderinstrumente werden beim Mikrofinanzfonds miteinander verknüpft: Neben Mitteln aus dem ERP-Sondervermögen, die das BMWi bereitstellt sowie den Finanzierungsbeiträgen der KfW-Bankengruppe und der privaten GLS-Bank, fließen in den Fonds auch Gelder aus dem Europäischen Sozialfonds, die vom Bundesarmeitsministerium verwaltet werden.